[linux] Re: "Most high-throughput bioinformatics work these days takes place on the Linux command line"

[Willem Ligtenberg]

U vraagt, wij draaien. :)
Genome assembler is een tool om vanuit stukjes DNA uit een sample van 
een organisme, het volledige genoom op te bouwen. (door gebruik te maken 
van de overlap tussen de verschillende stukjes)
Read mappers, zijn tools welke stukjes RNA (het afgelezen DNA welke 
gebruikt wordt om eiwitten mee te bouwen) te mappen op het genoom. Dan 
weet je dus welke stukken actief zijn.
Annotation tools, zijn belangrijk om deze informatie in hun context te 
plaatsen. (bijvoorbeeld bij welk gen hoort dit en eventuele andere 
informatie als geassocieerde ziekten)

Maar is op zich voor de commandline minder relevant. :)

Willem

PS: Ik ben zo'n Bioinformaticus. :)

On 15-03-16 17:14, dick kampman wrote:
> Ik lees onder meer "...genome assemblers, read mappers, and annotation
> tools...". Kan iemand dat even uitleggen? Of is dat in het kader van de
> command-line minder relevant?
>
> Dick Kampman
> dkampman op telfort.nl
>
>
> On 03/15/2016 03:44 PM, Paul Slootman wrote:
>> On Tue 15 Mar 2016, Hans Paijmans wrote:
>>
>>> Glasgow.LINUXworkflows.Aug15-19
>>>
>>> Course:  Introduction to LINUX workflows for biologists
>> http://prstatistics.com/course/introduction-to-linux-workflows-for-biologists-ilwb/
>>
>> Leuk om te lezen :)
>>
>>
>> Paul
>>
>>
>