[linux] Re: "Most high-throughput bioinformatics work these days takes place on the Linux command line"

[Hans Paijmans]

Je kunt ook het proefschrift van mijn jongste dochter lezen... sprak de 
trotse vader. Twintig april aanstaande, Universiteit van Potsdam 
"Application of hybridization capture to investigate complete 
mitogenomes from ancient samples"

On 15/03/16 18:58, Willem Ligtenberg wrote:
> U vraagt, wij draaien. :)
> Genome assembler is een tool om vanuit stukjes DNA uit een sample van
> een organisme, het volledige genoom op te bouwen. (door gebruik te maken
> van de overlap tussen de verschillende stukjes)
> Read mappers, zijn tools welke stukjes RNA (het afgelezen DNA welke
> gebruikt wordt om eiwitten mee te bouwen) te mappen op het genoom. Dan
> weet je dus welke stukken actief zijn.
> Annotation tools, zijn belangrijk om deze informatie in hun context te
> plaatsen. (bijvoorbeeld bij welk gen hoort dit en eventuele andere
> informatie als geassocieerde ziekten)
>
> Maar is op zich voor de commandline minder relevant. :)
>
> Willem
>
> PS: Ik ben zo'n Bioinformaticus. :)
>
> On 15-03-16 17:14, dick kampman wrote:
>> Ik lees onder meer "...genome assemblers, read mappers, and annotation
>> tools...". Kan iemand dat even uitleggen? Of is dat in het kader van de
>> command-line minder relevant?
>>
>> Dick Kampman
>> dkampman op telfort.nl
>>
>>
>> On 03/15/2016 03:44 PM, Paul Slootman wrote:
>>> On Tue 15 Mar 2016, Hans Paijmans wrote:
>>>
>>>> Glasgow.LINUXworkflows.Aug15-19
>>>>
>>>> Course:  Introduction to LINUX workflows for biologists
>>> http://prstatistics.com/course/introduction-to-linux-workflows-for-biologists-ilwb/
>>>
>>> Leuk om te lezen :)
>>>
>>>
>>> Paul
>>>
>>>
>


-- 
Dr. J.J. Paijmans
Houwenberg 2A, 5985 PE Grashoek (L)          077 888 05 77
http://paijmans.net          GSM: +31 621 961 083
v.a. Macbook